はるか宇宙の果てから、地球を襲う恐怖の大怪獣ギルギルガン。そして、これに立ち向かう科学要塞研究所と早乙女研究所。対抗心から単独行動で挑み、ギルギルガンの鋭い牙にかなわず撤退を余儀なくされたゲッターロボとグレートマジンガーだったが、改めて協力態勢を整え、共同作戦を開始する！