突如現れた謎の宇宙船の攻撃を受け、早乙女研究所は損壊。ベアー号とムサシを失う。グレートマジンガーも宇宙船が放った光波獣ピグトロンに苦戦を強いられる。しかし新たに弁慶を搭乗員に迎え、新しいゲッター・ゲッターロボGを完成させたゲッターチームが参上。新兵器グレートブースターを装備したグレートマジンガーと共に、光波獣に決戦を挑む。