本郷猛は類い希な頭脳の持ち主で、将来を有望視されていた青年だった。だがその将来はある組織によって潰えてしまう……。組織の名はショッカー。彼らは様々な実験によって生み出した“改造人間”を使い、社会を意のままにしようとする秘密結社である。本郷はショッカーによって、バッタの能力を持った改造人間＝仮面ライダー１号へと改造されてしまったのだ。そして意志を剥奪され、ショッカーに従う尖兵にされてしまう。しかし、ふとしたきっかけで自我を取り戻し、自分が悪に荷担していたこと。そして二度ともとの身体に戻れないことを知る。それは本郷に深い哀しみと自らの力への怖れを与えた。

しかし本郷の哀しみはそれだけではなかった。雑誌記者の緑川あすかは正体不明の「怪人」が出現しているという事件を、婚約者の矢野克彦と共に取材していた。だがショッカーによって矢野は殺されてしまう。あすかはそれを本郷のせいだと思っていたのだ。疑いを晴らすことも出来ず、本郷は仮面の男としてのみ、彼女と接し、守ることしか出来なかった。

一方、ショッカーは組織から抜け出した本郷を裏切り者と認定し、新たな改造人間を刺客として差し向ける。それは本郷が改造された姿と能力、そして矢野と瓜二つの顔を持つ男・一文字隼人であった。

その容姿を利用して、一文字は何喰わぬ顔をしてあすかに近づく。本郷はあすかの危険を察知して追いかけるが、そこへ一文字が変身した仮面ライダー２号があらわれる。ふたりは裏切り者とショッカーの刺客、そして互いにあすかを巡る男同士として、拳をぶつけ合う。だが拮抗した能力のふたりでは決着が付くはずもなく、結果、互いの身体を痛めつけるだけだった。

そんな一文字に業を煮やしたショッカーは改造人間・スネークとコブラを新たに差し向ける。その目的には本郷とあすかの抹殺だけでなく、勝手な行動をとる一文字の抹殺も含まれていた…。