本郷猛の未来は、歪められてしまった。
世界支配を画策する秘密結社ショッカーによって人体改造されたのだ。超人的な能力でショッカーの任務を遂行する猛だったが、自我に目覚め、ショッカーの陰謀を阻止する戦いを始める。改造人間・仮面ライダーとして。
あれから、2年が経った。
奇怪な事件が世間を騒がせている。惨殺死体が連続的に発見され、そのいずれも顔が切り刻まれていたのだった。やがて、都市伝説のような噂が流れ始める。惨殺死体の現場には、いつも超人気アイドル・Chiharuの曲が流れているのだ、と。
その頃、本郷猛の姿は高校の教壇にあった。猛が受け持ったクラスに菊間琴美という生徒がいた。彼女は今、怪事件と共に噂される人気アイドル・Chiharuの親友だった。ある時からまったく連絡の取れなくなった親友の身を案じて行動を開始する琴美。その前に、異形の怪人・チェーンソーリザードと6人の仮面ライダー・ショッカーライダーが現れる。危機に直面した琴美を救ったのは猛だった。そして琴美は目撃する。本郷猛のもう一つの姿を―。
Chiharuには兄がいた。新進IT企業の若き社長・風見志郎だ。猛と琴美は志郎のもとを訪ねる。しかしその志郎もまた、別の姿を現す。ナノロボットにより体内改造され、圧倒的に高い能力を有するショッカーの改造人間。仮面ライダーV3。
V3は、ショッカーライダーたちと共に本郷猛に襲い掛かる。サイクロンを駆り奮戦する猛だったが、多勢の強敵の前に窮地に追い込まれてしまう。
そこにもう一人の仮面ライダーが現れる。かつては本郷猛抹殺の命を担いながらも、猛と共にショッカーに反旗を翻した男、一文字隼人であった。
「ショッカー」のシザーズジャガーは日本すべてを標的とした改造計画を実行に移すため、大量のナノロボットを日本に上陸させた。猛は、隼人は、この陰謀を叩き潰すことができるのか。志郎は妹・Chiharuの真実にたどり着けるのか。
すべてを決する戦いは、もう目の前に迫っていた。