スクラッチに忍び込んだ風のシズカの盗んだ赤い宝玉。
ゲキレンジャーたちが立ち向かうとそこにボウケンブラック・イエロー・ブルーがやってきた。
激しい争奪戦のあと、宇宙へと冒険に旅立ったはずのボウケンレッド・明石とピンク・さくらが突如現れ宝玉を奪い去ってしまう。
マスター・シャーフーによると、その赤い宝玉は宇宙拳法の使い手パチャカマックがマスター・ブルーサと戦って負けたときに納めたもののうちの一つだという。
二つの宝玉を南米の神殿に納めれば究極の力が手に入るという。
残りの宝玉をも手にいれた明石は理央・メレも従えてその神殿に向かっていた。
究極の力の解放を阻止せんと、ゲキレンジャーたちとボウケンジャーたちは南米へと向かった。
明石が神殿に宝玉をはめ込まんとするのをジャンたちが阻止しようとするが、理央・メレの妨害もあり力は解放されてしまう。その瞬間さくらの身体の中から抜け出てきたのはパチャカマックの血を引くパチャカマック12世だった。さくらの身体を乗って人質にし、宝玉を奪取することを明石に強要していたのだ。
パチャカマック12世は理央・メレまでも配下に収め、地球をその手に入れんと攻撃を開始した。このままでは地球があぶない。変身する両戦隊。戦いはこれからだ!!