石ノ森章太郎「サイボーグ009」のヤングアダルト版として「SEX&バイオレンス」をテーマとし、漫画アクションに掲載された自身初の成年向けコミック「009ノ1」が生誕75周年記念作品として初の実写化！ 監督は、世界各国で作品を手掛け2009年の日本デビュー以降、ハリウッド仕込みの圧倒的なアクションで瞬く間に日本の特撮、アクション映画界のトップに躍り出た俊英・坂本浩一。さらに、東映最新技術の精鋭が集結するツークン研究所が手掛ける最新VFXでかつてない映像世界を実現する。そして、主役のミレーヌ・ホフマンを演じるのは、イワマユこと岩佐真悠子。そのイメージを覆す本格アクションに加え、心に迷いを抱える不完全なサイボーグエージェントという日本版「ニキータ」を彷彿とさせる役所で、今まで見たことのない新たなイワマユが覚醒する。かつてない本格ジャパニーズヒロインアクションが誕生！

世界情勢混乱により完全に二極分断された＜ウエスタンブロック＞と＜イースタンブロック＞。緊迫する軍事境界エリアに設置された特殊部隊「ゼロゼロ機関」が作り出したミレーヌ・ホフマン通称「0091ゼロゼロナインワン」（岩佐真悠子）。その任務はウエスタン・ブロックの最前線部隊として敵地に潜入し、必要な情報収集や盗まれた情報の回収を行う事。いわば完全武装されたサイボーグエージェント。ミレーヌは、移民売買を摘発するミッションを遂行中、移民のひとりの青年クリス（木ノ本嶺浩）に目を留める。ミッションは成功するが、何故かその青年のことが頭から離れない――。そして、ゼロゼロ機関のボス（竹中直人）からミレーヌに「Dr.クラインを奪還、保護せよ」という新たなミッションが下された。自分の失われた記憶の謎を知る博士の名を聞いて戸惑うミレーヌ。迫り来るイースタンブロックの女サイボーグエージェント（長澤奈央）からDr.クライン（杉本彩）を奪還できるのか。失われたミレーヌの記憶は戻るのか。秘密裏に進められているファウストプロジェクトとは一体…そして…明かされるクリスの正体とは――。