日本漫画界の巨匠、石ノ森章太郎と永井豪。全世界に影響を与えた2人の代表作「サイボーグ009」と「デビルマン」がまさかのコラボレーション！それぞれ異なる能力を持つ9人の戦士と、悪魔の力と正義の心を持つ1人の男。最強のヒーローが、最悪の出会いを遂げる。誰もが予想しなかった闘いが、オリジナルアニメとしてついに実現！

ミュートス・サイボーグとの戦いを終えたジョー。ささやかな休息もつかの間、イワンが“悪魔”の出現を警告した。調査を始めるゼロゼロナンバーたち。
一方、飛鳥了と共にデーモンハンターとしてデーモン族と闘うデビルマン《不動明》も敵の新たな動きを感じていた。互いに事件を追い、遂に遭遇するサイボーグ009とデビルマン。
誰も想像できなかった改造人間（サイボーグ）と悪魔人間（デビルマン）の本気バトル。対決のゴングは打ち鳴らされた！

ACT1‐3 ※ACT3は劇場上映版よりも約9分30秒長いディレクターズカット版。