三重県伊賀市や滋賀県甲賀市へのロケを敢行して贈るスペシャル・ニンジャエンタテインメント！ワケありの「恐竜殿さま」とニンニンジャーの出会いから始まる、一夏のドタバタ大冒険はまさに必見！全国のスクリーンを「忍ばず暴れる」若き忍者たちが駆けめぐる!!

ラストニンジャこと伊賀崎好天が、ニンニンジャーに「夏休みの宿題」を出した。忍びの者だけが行くことのできる「忍隠れの里」……その中心にある「忍隠れ城」が、牙鬼軍団の侍大将・弓張重三に襲われているのだという。もはや、落城は時間の問題だったが、好天は若き忍者たちに、忍隠れ城の殿さまを救うように命じる。早速、城へと向かった6人は見事にミッションを成功させるが、救い出した殿さまこと八角辰之助は「祟り」によって恐竜の姿へと変えられていた――。そして、6人に課せられたもうひとつの「宿題」は、忍隠れの里に「LOVE&PEACE」……すなわち「愛と平和」をもたらすこと。里で危機に瀕している人々を助けるために、ニンニンジャーは強敵・弓張重三が率いる牙鬼軍団との決死の戦いに臨む。弓張が求める、伝説の「悪しき竜」とは、「恐竜殿さま」となった辰之助のことなのか？やがて出現した「強大なる力」の前に、絶体絶命の危機に陥ったニンニンジャー。
しかし、今こそ無限の忍タリティを示すとき！忍ばず暴れるスーパー忍者よ、この夏いちばんの勇気と情熱で、悪の野望を打ち砕け！！