2つのスーパー戦隊が豪華共演を果たす「スーパー戦隊VSシリーズ」最新作！
手裏剣戦隊ニンニンジャーと昨年人気を博した烈車戦隊トッキュウジャーが夢のタッグ！
ニンニンジャー最大のピンチに最強の奴らが駆けつける！一年間のシリーズを通じて戦い抜いたトッキュウジャーが満を持してカムバック！

伝説の忍者たちと会える!?「夢の忍者ランド」からの招待が届き、ニンニンジャーは期待に胸をふくらませて出発した。しかし、彼らが乗ったのは、なんと妖怪烈車！妖怪ワニュウドウが見せる幻覚で、天晴たちはピンチに陥ってしまう。そこへ現れたのは、かつて世界を闇で包もうとする悪の路線・シャドーラインと戦い、これを倒した烈車戦隊トッキュウジャーだった。
彼らによれば「夢の忍者ランド」は、本当は「闇忍者ランド」。シャドーラインの残党・闇博士マーブロが、伝説の忍者の「闇クローン」を作るため、ニンニンジャーをおびき出したのである。天晴＝アカニンジャーが闇のオーラに包まれ、そこからハイブリッド忍者「闇アカニンジャー」が誕生！このままでは天晴の忍タリティが失われ、天晴自身も消滅してしまう……。今こそ、2大スーパー戦隊が力を合わせるとき。忍タリティとイマジネーション、そして「家族を想う力」で、最大の危機に立ち向かえ!!